Além das diversas ações realizadas em terra, a Prefeitura de Aracaju também faz o monitoramento constante e a limpeza das vias fluviais da capital. Esse trabalho, realizado pela Empresa Municipal de Serviços Urbanos (Emsurb), segue uma programação elaborada e atende, também, a denúncias da população. Com a aquisição de uma embarcação de pequeno porte, a retirada de resíduos sólidos em locais de difícil acesso nos rios foi facilitada e o objetivo é evitar que a poluição das águas cause problemas ambientais e enchentes.
Vale ressaltar que a prática de descarte irregular de resíduos é considerada crime ambiental de acordo com a lei municipal nº 4.452/2013. As denúncias sobre este tipo de conduta devem ser encaminhadas à Secretaria Municipal de Meio Ambiente (Sema), pelos telefones 3225-4178 / 98149-2497. Para solicitar a equipe de limpeza, o contato pode ser feito com a Ouvidoria da Emsurb, pelo 3021-9908.